La capacidad de carga del A400M abarca la gama completa de cargas actuales y futuras definidas en el ESR (European Staff Requirement). Las cargas militares, desde los vehículos de combate armados y la artillería ofensiva hasta helicópteros multimisiones, y las cargas civiles como excavadoras y camiones de carga y descarga – todas tienen cabida en el A400M. Las dimensiones de la caja de carga se optimizan para el transporte de vehículos pesados y / o palets de carga, al tiempo que se pueden configurar fácilmente para transportar tropas, paracaidistas o Medevac. El sistema de manejo de carga del A400M permite cargar y descargar palets y contenedores con un solo supervisor de carga y sin necesidad de equipos especiales de soporte terrestre. También se puede instalar una grúa opcional de 5 toneladas en la parte trasera del fuselaje, lo cual permite cargar y descargar palets militares totalmente cargados. La bodega de carga ofrece espacio suficiente para transportar nueve palets militares estándar (88 x 108 pulgadas) incluidos dos palets cargados en la zona de la rampa. Los palets civiles (125 pulgadas de ancho) también pueden cargarse mediante el uso de un sistema opcional de anclaje. Al mismo tiempo los asientos en las paredes laterales ofrecen sitio para 54 soldados. El sistema de anclaje de los palets puede guardarse fácilmente a fin de proporcionar un suelo llano para cargar vehículos de oruga o con ruedas. La bodega de carga del A400M puede acomodar hasta 116 soldados / paracaidistas plenamente equipados, sentados en cuatro filas longitudinales. Los paracaidistas pueden ser lanzados desde las puertas traseras o desde la rampa. La bodega puede, asimismo, convertirse para adaptarse a la evacuación médica (MEDEVAC) ofreciendo cabida a hasta 66 camillas acompañadas por 25 profesionales del ámbito médico.