La version ECR (Electronic Combat and Reconnaissance) est optimisée pour les missions de guerre électronique et de reconnaissance.
Le Tornado ECR est doté d'un détecteur d’émission électromagnétique ELS (Emitter Locator System), d'un système d'imagerie infrarouge IIS (Infrared Imaging System) et FLIR (Forward Looking Infrared) et d'une interface de données opérationnelles ODIN (Operational Data Interface). Son armement antiradar est constitué par des missiles guidés HARM AGM-88 (High-Speed Anti-radiation Missile).